Wdrożenie systemu ERP jest operacją wymagająca czasu i dużego zaangażowania. W trakcie przeprowadzania tej operacji występuje cały szereg problemów. Można wyłonić ich trzy główne typy. Najczęściej spotykane trudności wiążą się z wydłużającym się okresem wdrożenia. Bywa, że proces ten opóźnia się o lata. Zdarza się to gdy wdrożenie przeprowadza dostawca pozbawiony odpowiednio wysokich kompetencji. Trzeba podchodzić z rezerwą do deklaracji o bardzo krótkim czasie wdrożenia. Najczęściej są to tylko puste słowa. Kolejnym problemem jest nieodpowiednie dobranie aplikacji do potrzeb firmy. Czasem zdarza się, że przeszacowane zostają możliwości firmy. Zamawiany jest wtedy kosztowny system
1 ERP który w finale wykorzystywany będzie w niewielu procentach. Za duże aplikacje zaburzają również sposób funkcjonowania przedsiębiorstwa. Źródłem problemów może być również niedostosowanie organizacyjne przedsiębiorstwa. Zbyt mały udział we wdrożeniu kadry zarządzającej bardzo utrudnia ten proces. Bywa,że nadzór nad pracami prowadzi osoba która nie ma zbyt wielkiego pojęcia nad o specyfice firmy. Ma to często związek z niskim priorytetem nadawanym przedsięwzięciu. Oczywiście skutkuje to tym, że system ERP nie działa w sposób skuteczny i efektywny.